漁業(yè)資源調查中eDNA的采樣設備選擇及PCR分析

一：eDNA采樣硬件選擇  

      在魚類資源調查中，國際上普遍認可的專業(yè)采樣設備為美國Smith公司生產(chǎn)的多通道水體基因采樣器或便攜式eDNA采樣器。

可參閱文獻：

eDNA Sampler: A fully integrated environmental DNAsampling system

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                              多通道水體基因采樣器

                               便攜式eDNA采樣器

設備優(yōu)勢

1、可記錄采樣點流速、GPS、溫度等信息

2、內置計算機，可導出采樣日志、為每個樣品標注采樣編碼

3、采樣飽和后具有震動反饋功能，可設置定量采水

4、具備遠程藍牙遙控采水功能

5、可進行多通道的同步采樣

6、自封濾膜（技術）：采用合成樹脂材料自動對樣本進行脫水處理，使DNA信息能在室溫下保存90天不降解（傳統(tǒng)采樣方式需要對樣品進行乙醇加注、冷凍、防腐等措施，費時費力，往往會在采樣點浪費大量時間）

①降低污染——傳統(tǒng)樣品處理方式需要現(xiàn)場對樣品進行防腐處理，會增加污染可能。

②提高DNA含量——與傳統(tǒng)使用乙醇相比，檢測到的DNA含量是其2倍。

③提高效率——現(xiàn)場無需準備乙醇及緩慢的過濾工作，無需準備冷凍措施低溫保存樣品，即便是沒有相關從業(yè)經(jīng)驗的人員即可快速上手實現(xiàn)標準化的采樣工作。

設備標配自封濾膜套裝self-preserving packs——封裝后即可郵寄至我司合作實驗室分析

二：樣品(q)PCR分析并出具報告

       樣品分析由上海蔚雨科技有限公司合作實驗室進行分析，用戶所使用的濾膜必須為廠家提供的自封式濾膜，郵寄至廠商接收點(常溫、無需使用乙醇等固定液)，2周內即可獲取結題報告。

自封式濾膜可參閱文獻：

A self‐preserving, partially biodegradable eDNA filter

1、流程

環(huán)境DNA提取——設計合成引物接頭——PCR擴增產(chǎn)物純化——PCR產(chǎn)物定量均一化——測序文庫構建——高通量測序——生成報告

2、樣品報告包括但不限于：